Ce este un fișier Protein Data Bank (PDB)? Cum să îl deschideți și să îl vizualizați în Windows 11?

Un fișier de bancă de date de proteine ​​(PDB) este un format de fișier utilizat pentru a stoca date biologice tridimensionale. Fișierele PDB sunt utilizate în mod obișnuit pentru a stoca date despre proteine, acizi nucleici și alte biomolecule. Fișierele PDB pot fi vizualizate într-o varietate de moduri, inclusiv prin intermediul software-ului precum PyMOL și VMD. În Windows 11, puteți deschide un fișier PDB accesând File Explorer, făcând clic pe fila Vizualizare, apoi selectând opțiunea de a afișa fișierele și folderele ascunse. Odată ce ați făcut acest lucru, ar trebui să puteți găsi fișierul PDB pe care doriți să îl vizualizați. Fișierele PDB sunt un instrument important pentru oamenii de știință care lucrează cu biomolecule, deoarece permit vizualizarea și analiza datelor în trei dimensiuni. Înțelegerea modului de deschidere și vizualizare a fișierelor PDB este, prin urmare, o abilitate importantă pentru oricine lucrează în domeniul bioinformaticii sau al biologiei computaționale.

Fișierele Băncii de date de proteine ​​(PDB). sunt fișiere moleculare tridimensionale care stochează structuri moleculare. Acum, dacă vă întrebați cum să deschideți astfel de fișiere pe computer, această postare vă va interesa. Aici vom discuta despre fișierele PDB în detaliu și despre cum să vizualizați astfel de fișiere în Windows 11/10. Așa că, fără alte prelungiri, haideți să verificăm!

Ce este un fișier Protein Data Bank (PDB)?

Banca de date de proteine (PDB) este o bază de date cu date structurale 3D pentru proteine, acizi nucleici și alte molecule mari. Fișier de la PIB Extensia de fișier este practic un fișier care conține date legate de structura unei molecule biologice 3D. Datele includ coordonate atomice, structuri atomice, conectivitate atomică, structura proteinelor, structura acidului nucleic și multe altele. Conține și metadate experimentale.

Acest format de fișier este utilizat pe scară largă în bioinformatică pentru a schimba coordonatele proteinelor. Conține mii de rânduri care descriu structura unei proteine. Acum, dacă doriți să citiți sau să vizualizați fișiere PDB pe un computer Windows, trebuie să utilizați un instrument dedicat terță parte, deoarece nu există nicio aplicație nativă pentru asta. În această postare, vom discuta despre diferite moduri de a vizualiza fișierul PDB în Windows 11/10.

Cum să vizualizați fișierul Protein Data Bank (PDB) în Windows 11?

Există două moduri de a vizualiza fișierul Protein Data Bank (PDB) în Windows 11/10, și anume:

1. Utilizați software gratuit pentru a vizualiza fișierele PDB.
2. Încercați un instrument online gratuit pentru a citi fișierele PDB.

1] Utilizați software gratuit pentru a vizualiza fișierele PDB.

Puteți utiliza software Windows terță parte care vă permite să deschideți și să vizualizați fișiere PDB. Există mai multe aplicații desktop gratuite disponibile pentru Windows pe care le puteți încerca. Iată câteva dintre cele bune pe care le puteți folosi:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• O moleculă
• RasMol

A] IKmol

IQmol este un editor molecular și software de vizualizare gratuit și open source pentru Windows 11/10. Folosind-o, puteți vizualiza PDB, precum și diverse alte fișiere de molecule 3D, cum ar fi MOL, SMI, CUBE, XYZ etc. În acest software, puteți găsi toate instrumentele importante de vizualizare moleculară. Aceste instrumente variază de la bază la avansate. Pe lângă vizualizarea fișierului PDB, puteți edita și structura moleculară.

Vă permite să deschideți mai multe fișiere PDB în același timp și să le vizualizați pe toate în același timp. În panoul Vizualizare model, puteți activa sau dezactiva redarea unuia sau mai multor fișiere PDB.

Principalele caracteristici ale IQmol:

Caracteristicile acestui vizualizator de fișiere PDB gratuit și open source pe care le puteți consulta sunt:

• Puteți găsi toate instrumentele standard de navigare a fișierelor, inclusiv mărire/micșorare (cu rotița mouse-ului), deplasare, rotire, ecran complet, resetare vizualizare, afișare axelor etc.
• Vă permite să personalizați aspectul modelului prin editarea unor parametri precum shader, lumină ambientală, difuzie, puterea ceață, lumini, intensitatea zgomotului, parametrii POV-Ray etc.
• De asemenea, puteți adăuga etichete atomice, cum ar fi masa atomului, sarcina parțială, RMN, densitatea spinului etc.
• Acest lucru vă permite să personalizați setările camerei după cum doriți. Puteți ajusta proiecția camerei, poziția etc.
• au un convenabil Rotire automată o funcție care vă permite să rotiți automat modelul molecular.
• Puteți salva reprezentarea actuală a structurii proteinei într-un format de imagine, cum ar fi PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS etc.
• De asemenea, vă permite să convertiți PDB în alte fișiere molecule folosind funcția „Salvare ca”. Formate de ieșire acceptate: XYZ, MOL, MOL2, CML etc.
• De asemenea, îl puteți folosi Calcul funcții de calculat energie structura moleculară, forțe, scanare PES, stare de tranziție, deplasări chimice, geometrie, energie de descompunere, corecție BSSE, și așa mai departe.

Pe lângă funcțiile de vizualizare, obțineți un meniu special Build cu un set de funcții de construcție moleculară. Aceste caracteristici includ adăugarea de noi atomi, inserarea de noi molecule, minimizarea structurii, setarea izotopilor și multe altele.

Acesta este un software de modelare moleculară foarte bun cu care puteți vizualiza fișierele Protein Data Bank pe computer. Dacă vă place, descărcați de aici .

Vedea: Chem4Word este un add-in de chimie pentru Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer este un vizualizator special de fișiere PDB gratuit pentru Windows 11/10. Vă permite să vizualizați și să analizați mai multe structuri de proteine ​​simultan. Puteți analiza structura proteinei, structura ADN-ului etc. conținute în fișierul PDB. În afară de fișierul PDB, vă permite, de asemenea, să deschideți și să vizualizați fișiere MOL și MMCIF.

Când deschideți un fișier PDB, pe interfață este afișată o vizualizare 3D împreună cu o fereastră de panou de control. Panoul de control conține informații generale, o listă și un titlu de fișier. Puteți muta cu ușurință structura, o rotiți, măriți / micșorați, etc.

De asemenea, vă permite să afișați sau să ascundeți suprafața punctului, baza, legăturile de hidrogen, vectorii de forță și multe altele, în funcție de preferințele dvs. De asemenea, puteți evidenția diferite părți cu diferite scheme de culori pentru a analiza mai bine structura. În plus, puteți utiliza funcții de afișare, cum ar fi Redare în 3D solid, Redare POV, afișare etichete și multe altele.

Pe lângă instrumentele de vizualizare, aveți și o mulțime de funcții de modelare moleculară. În plus, oferă, de asemenea, calculul energiei, calculul legăturilor H, analiza domeniului, detectarea domeniului, crearea de motive 3D, construirea de simetrie cristalografică și alte instrumente.

Îl poți descărca de pe Site-ul oficial .

Citit: Cel mai bun software gratuit de analiză a puterii pentru Windows 11/10.

C] QMol

Cumol este un alt vizualizator PDB gratuit pentru Windows 11/10. Este un instrument de vizualizare a structurii macromoleculare cu ajutorul căruia puteți vizualiza fișiere PDB. Alte fișiere pe care le puteți deschide și vizualiza în el sunt DX, MAP, MTZ, CNS etc.

Vă permite să comutați între vizualizările în perspectivă și ortografice, să rotiți modelul, să măriți / micșorați, etc. Puteți reda modelul folosind POV-Ray și metodele sale de randare a animației. Structura redată poate fi salvată în format PNG. Este disponibil și un instrument de măsurare care vă permite să măsurați distanța, unghiul și răsucirea în model.

De asemenea, puteți găsi câteva instrumente suplimentare pentru a analiza în continuare structura proteinelor. Aceste instrumente includ Suprapunere moleculară, tăietor de suprafață Mol, generare de suprafață Mol, editor de legături Mol, analiza interacțiunii, animație Mol morph, și așa mai departe.

Este un software bun pentru a vizualiza și analiza structura proteinelor prezente în fișierele PDB.

Vedea: Opțiunea .LIT # Cum se convertesc LIT în EPUB sau MOBI pe Windows?

ecran albastru după ferestrele de repaus 10

D] Molecule

Următorul software de vizualizare PDB din această listă este Molekel. Acesta este un software de vizualizare moleculară destul de vechi, dar puternic, care vă permite să deschideți și să vizualizați fișiere PDB. Puteți găsi multe instrumente de vizualizare și analiză moleculară care vă permit să analizați structurile proteinelor.

Vă permite să personalizați afișarea moleculelor, atomilor, legăturilor, reziduurilor etc. Puteți alege diferite tipuri de afișare pentru fiecare dintre ele, cum ar fi Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Linear Tape, etc. În plus, puteți ajusta proprietățile vizualizării 3D, puteți afișa/ascunde casetele de delimitare, utilizați shadere etc. Vă permite să vizualizați fișierul PDB prin modificarea densității de electroni a suprafeței structura și adăugarea unei suprafețe disponibile pentru solvent, la structură.

puteți găsi Animaţie o funcție în ea pentru a reda animația structurii moleculei. De asemenea, are un meniu special „Analiză” cu instrumente adecvate. Folosind instrumente de analiză, puteți determina datele grilei, densitatea de rotație, potențialul electrostatic molecular, spectrul de emisie, distanța, unghiul și multe altele pentru o structură.

De asemenea, vă permite să convertiți fișiere PDB în diferite formate de fișiere. Aceste formate includ PDF, PS, EPS și Imagine. Daca iti place il poti obtine Aici .

Citit: Complete Anatomy App este o descărcare demnă pentru Windows. .

E] Rasmol

De asemenea, puteți utiliza RasMol pentru a vizualiza fișierele PDB pe Windows 11/10. Este un software gratuit și open source care vă permite să vizualizați și să analizați structurile moleculare. De asemenea, acceptă deschiderea și vizualizarea altor fișiere precum MOL, XYZ, CIF, MOPAC etc.

Vă permite să vizualizați structura ca un cadru, urzeală, tije, panglici, șuvițe etc. De asemenea, puteți evidenția diferite părți ale structurii cu culori diferite. De asemenea, vă permite să afișați sau să ascundeți atomi de hidrogen, heteroatomi, umbre, etichete etc., în funcție de preferințele dvs. De asemenea, puteți măsura distanța, torsiune, unghi și alte valori într-o structură.

Acest software este disponibil Aici .

Vedea: Cel mai bun software gratuit de anatomie umană 3D pentru Windows.

2] Încercați un instrument online gratuit pentru a citi fișierele PDB.

De asemenea, puteți utiliza un instrument online gratuit pentru a deschide și vizualiza fișiere PDB. Tot ce trebuie să faceți este să deschideți site-ul într-un browser web și să descărcați fișierul PDB pentru a-l vizualiza. Iată câteva vizualizatoare PDB online gratuite pe care le puteți încerca:

• RCSB PDB
• Molsoft

A] RCSB PDB

firefox activează adăugări în navigarea privată

Puteți utiliza acest instrument online gratuit numit RCSB PDB pentru a vizualiza fișierele Protein Data Bank. Vă permite să importați un fișier PDB și apoi să vizualizați și să analizați structura moleculară a acestuia.

Puteți găsi câteva funcții de vizualizare de bază, cum ar fi zoom, rotire, comutare avansată a vizualizarii portului, resetarea camerei, comutarea modului de selecție etc. De asemenea, vă permite să ajustați unele setări sau opțiuni de control, cum ar fi modul camerei (perspectivă sau ortografic), culoarea de fundal, /off. dezactivați ocluzia, activați/dezactivați ceața, tăierea, locația etc.

Vine cu Anima funcţie. Folosind aceasta, puteți roti automat structura proteinelor. Cu aceasta, puteți regla viteza și unghiul de rotație. Primești și un dedicat Măsurare instrument în ea. Folosind acest instrument, puteți afla mai multe valori, cum ar fi distanța, orientarea, unghiul și multe altele.

În plus față de aceste caracteristici, sunt disponibile câteva alte instrumente utile: căutarea motivelor de structură, adăugarea de componente, exportul animației, exportul geometriei (STL, OBJ etc.) și exportul modelului.

Una peste alta, acesta este un vizualizator PDB online gratuit foarte bun, cu un set grozav de instrumente de vizualizare. Poti incerca Aici .

B] Molsoft

Molsoft este un alt instrument online care poate fi folosit pentru a vizualiza structurile PDB. Acesta este un simplu vizualizator de fișiere PDB cu caracteristici de bază. Mai întâi, deschideți-l site web și faceți clic pe opțiunea de meniu cu trei benzi. După aceea, selectați opțiunea „Deschidere” pentru a importa un fișier PDB salvat local sau pentru a încărca un fișier de pe Google Drive. Când selectați un fișier, acesta vă va arăta structura moleculară în vizualizator.

Puteți utiliza diferite moduri de vizualizare pentru a vizualiza structura. Aceste vizualizări includ wireframe, creatin fosfokinaza (CPK), minge și tijă, panglică și multe altele. Puteți comuta cu ușurință între aceste moduri de vizualizare pentru a se potrivi cerințelor dvs. În plus, vă permite să activați sau să dezactivați etichetele atomilor, etichetele reziduurilor, legăturile de hidrogen și site-urile pentru o mai bună înțelegere a structurii.

De asemenea, oferă instrumente de măsurare. Puteți măsura distanța, unghiul plat și unghiul de răsucire în model. În plus, este disponibil un util Color by function, care vă permite să colorați structura după tipul de atom, lanț, aliniere, structură secundară etc.

Acesta este un alt vizualizator de fișiere PDB online bun pe care îl puteți încerca gratuit.

Cum să descărcați un fișier PDB de la Protein Data Bank?

Pentru a descărca un fișier PDB din Protein Data Bank, puteți vizita site-ul web Protein Data Bank, puteți introduce și căuta numele proteinei sau macromoleculei, cum ar fi hemoglobina umană, chitinaza etc. Apoi selectați fișierul din rezultatele căutării și utilizați opțiunea de descărcare pentru a descărca fișierul PDB. Simplu ca buna ziua.

Cum să vizualizați structurile PDB?

Structurile moleculare ale PDB pot fi vizualizate folosind un instrument online dedicat sau o aplicație software. Puteți încerca software gratuit precum IQmol, Swiss-PdbViewer și CueMol pentru a vizualiza și analiza structurile PDB pe computer. Dacă preferați să utilizați un instrument online, există multe opțiuni. De exemplu, încercați servicii web precum RCSB PDB și Molsoft. Acestea sunt vizualizatoare de fișiere PDB online gratuite, care oferă instrumente avansate de vizualizare și analiză moleculară.

Cum se convertesc fișierul PDB în PDF?

Pentru a converti fișierul PDB în PDF, puteți utiliza această aplicație desktop gratuită numită Molekel. Acesta oferă o opțiune specială „Salvare în PDF” care vă permite să convertiți fișierul PDB în format PDF. Puteți deschide fișierul PDB și apoi faceți clic pe „Fișier” > „Salvare în PDF” pentru a converti PDB în PDF. Am discutat despre acest software în detaliu în această postare, verificați-l mai sus.

Asta e tot.

Acum citește: Cel mai bun software gratuit de modelare moleculară pentru Windows.